Puskesmas Kaligangsa berdiri pada tahun 2009. Dahulu puskesmas kaligangsa merupakan Puskesmas Pembantu dari Puskesmas Pengempon. Saat berdiri pertama kali pada tahun 2009, Puskesmas Kaligangsa dipimpin oleh dr. Rofiqoh, MM. Puskesmas Kaligangsa saat itu hanya melayani Pelayanan Pemeriksaan Umum, Pemeriksaan Kesehatan Ibu dan Anak, Pemeriksaan Gigi dan Pelayanan Farmasi. Keterbatasan sarana prasarana serta ketenagaan saat itu membuat Puskesmas Kaligangsa terus berbenah dan melakukan berbagai perbaikan.
Pada tahun 2013 hingga 2019, Puskesmas Kaligangsa dibawah kepemimpinan dr. Apriono Edy Prihanto melakukan berbagai perbaikan baik fisik maupun sistem pelayanan. Perbaikan fisik dan sistem pelayanan yang dilakukan dalam periode tersebut memberikan hasil penilaian Akreditasi Puskesmas Tahun 2018 dengan hasil terakreditasi “UTAMA”.
Pada bulan juli 2019 hingga saat ini, Puskesmas Kaligangsa dipimpin oleh dr. Sandy Wahap, M.Kes. Perbaikan baik fisik dan sistem pelayanan terus dibenahi berdasarkan kebutuhan masyarakat, hasil survey kepuasan pelanggan, kritik dan saran masyarakat terhadap pelayanan puskesmas, serta melalui hasil kegiatan Survei Mawas Diri dan Musyawarah Masyarakat Desa.